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BuSCA n°45 - 15 juillet 2021
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Éditorial
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Ce premier BuSCA de l’été se concentre sur des études et bilans autour des contaminants biologiques ou chimiques. Concernant les premiers, le WGS confirme sa plus-value dans les investigations et la surveillance.
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Suivi
Irlande, Crytosporidium, salade
Les autorités sanitaires irlandaises publient les résultats d’une enquête épidémiologique menée sur un épisode de cryptosporidiose décrit dans le BuSCA n°23. Les analyses par PCR ciblant Cryptosporidium réalisées en routine dans certains laboratoires hospitaliers irlandais sur des échantillons de selles ont facilité la détection précoce de cette épidémie. Les auteurs soulignent une hétérogénéité des modalités de surveillance des infections à Cryptosporidium en Irlande et en Europe. Lien
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Étude
Allemagne, STEC, farine
Des STEC ont été identifiées dans des farines fabriquées en Allemagne sans cas humains identifiés à ce jour. Pour mémoire, des épidémies observées aux États-Unis et au Canada avaient associé ces bactéries à cette matrice inhabituelle (BuSCA n°29). La farine est donc une source potentielle de contamination par les STEC à surveiller. Lien
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Étude
États-Unis, Listeria, chaîne alimentaire
Des auteurs américains ont réalisé une méta-analyse des données de prévalence, de persistance et de la diversité génétique des espèces de Listeria dont L. monocytogenes à chaque étape de la chaîne d’approvisionnement des produits frais aux États-Unis. Les environnements naturels (eaux de surface) et les sites de production en plein air présentent les taux de prévalence de contamination les plus élevés, avec une forte diversité et persistance des souches. Les auteurs recommandent de renforcer les recherches et la collecte de données auprès des centres de transport et de distribution. Lien
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Étude
Canada, E. coli O157:H7, bovin, porc
Les différentes méthodes conventionnelles de typage des STEC O157:H7 utilisées dans cette étude ont mis en évidence une faible diversité génétique des souches dans chaque filière étudiée (porc et bovin). Les méthodes de typage basées sur le WGS ont permis de mettre en évidence une ascendance commune entre des E. coli O157:H7 isolées des deux espèces animales. Ces résultats suggèrent également que les porcs pourraient être une source importante de contamination de l’environnement par les STEC. Lien
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Étude
États-Unis, Staphylococcus aureus
Une analyse par WGS a révélé la présence de cinq à onze gènes d’entérotoxines staphylococciques (ES) connus à ce jour dans les souches de Staphylococcus aureus isolées de cas humains aux États-Unis. Quatre-vingt-treize pourcent des isolats possédaient au moins un gène codant pour une des cinq premières entérotoxines A à E. Les résultats obtenus par PCR et par WGS ont montré des similitudes à 96,2 % sur les gènes d’ES retrouvés. Lien Un Point-sur avait été publié au sujet des ES dans le BuSCA en mai 2021. Lien
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Étude
Europe, surveillance TIAC
L’ECDC révèle que le nombre d’épidémies d’origine alimentaire a diminué en 2021 par rapport à 2020. L’agence a mis au point un système de collecte, de gestion, d’analyse et de stockage des données WGS des génomes de Listeria, Salmonella et des STEC. A la fin de l’année 2020, neuf pays européens soumettaient régulièrement leurs données de surveillance par WGS et huit pays soumettaient les données WGS issues des épidémies. À l’avenir, les bases de données de l’ECDC et de l’Efsa resteront séparées mais échangeront des données en temps réel pour améliorer la détection des épidémies d’origine alimentaire. Lien
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Bilan
Europe, antibiotique, chaîne alimentaire
L’Efsa publie un rapport sur l’apparition des résistances aux antimicrobiens chez l’Homme et dans les aliments d’origine animale, entre 2016 et 2018. L'utilisation d’antibiotiques a diminué chez l’Homme et les animaux et a été plus faible chez les animaux que chez l’Homme (quantité utilisée rapportée au poids de biomasse). Des associations ont été observées entre l'usage d’antibiotiques et l’apparition de souches résistantes aux antibiotiques chez l’Homme et l’animal. Pour certaines classes d’antibiotiques, la résistance des bactéries humaines était liée à la résistance de bactéries isolées d’animaux destinés à la consommation humaine. Lien
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Bilan
France, contaminants chimiques
Dans le cadre du programme français de biosurveillance humaine, Santé publique France (SpF) publie le deuxième volet de l’étude Esteban qui fournit des données récentes sur l'exposition de la population française aux métaux lourds. Cette étude, réalisée entre 2014 et 2016, révèle notamment des niveaux d’exposition à l’arsenic, au mercure, au plomb et au cadmium dépassant les valeurs guides sanitaires pour une part de la population. Pour l’arsenic, le cadmium et le chrome ces niveaux sont en augmentation par rapport à l’étude ENNS conduite en 2006-2007. Lien Des travaux sont en cours pour mieux comprendre l’augmentation de ces expositions. Lien
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Étude
Monde, maïs, mycotoxines
Une équipe portugaise présente une revue sur la surveillance des mycotoxines réglementées et émergentes tout au long de la chaîne de production du maïs. Le déoxynivalénol et la zéaralénone sont les mycotoxines les plus répandues, mesurées au niveau primaire de la chaîne. Les profils de co-contamination étaient très fréquents dans toutes les études. Les auteurs concluent notamment sur l’importance de spécifier précisément le type de culture et le stade de la chaîne alimentaire dans les études pour permettre une analyse plus fine des résultats et une évaluation correcte des risques. Lien
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Étude
Monde, huile, mycotoxine
La contamination par les mycotoxines des huiles végétales destinées à la consommation a été analysée dans une revue. Les principales mycotoxines identifiées étaient les aflatoxines, la zéaralénone, l’ochratoxine A, les trichothécènes, les fumonisines. Les auteurs ont également réalisé une étude comparative des techniques d’analyse utilisées pour la détection de mycotoxines dans les huiles minérales ; si les techniques chromatographiques sont universellement employées à ce jour, d’autres méthodes présentent des perspectives intéressantes. Lien
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